我国由中国人民银行（央行）运营的核心支付系统主要包括以下五套主要系统：
大额实时支付系统（HVPS）
功能： 处理金额大、时效性要求高的跨行及同业资金转账。
特点： 实时全额清算，逐笔处理、实时到账。
重要性： 我国支付清算体系的“主动脉”，为金融市场、货币政策实施、大额商业支付提供最终结算。
小额批量支付系统（BEPS）
功能： 处理同城、异地的各类小额、批量支付业务（如工资发放、公用事业缴费、养老金发放、保险理赔、商户结算等）。
特点： 批量发送、轧差净额清算，7×24小时运行，单笔金额有限额。
重要性： 服务社会民生和日常经济活动，覆盖面广。
网上支付跨行清算系统（IBPS，俗称“超级网银”）
功能： 主要处理基于网上银行、手机银行等渠道发起的小额、实时的跨行支付业务（如网银/手机银行转账、网购支付、跨行账户管理）。
特点： 实时处理、7×24小时运行、支持跨行账户信息查询和资金转账。
重要性： 极大提升了个人和小微企业网上支付的便利性和效率，是电子支付的重要基础设施。
境内外币支付系统（CFXPS）
功能： 为国内银行业金融机构提供外币（如美元、欧元、日元、港币等）支付服务的实时全额结算系统。
特点： 以外币为结算货币，支持多币种。
重要性： 满足境内市场对外币支付清算的需求，提高外币清算效率，降低风险。
人民币跨境支付系统（CIPS）
功能： 专为跨境人民币贸易、投融资及其他跨境业务提供资金清算结算服务。
特点： 覆盖全球主要时区，支持参与者直接或间接接入，促进人民币国际化。
重要性： 人民币国际化的关键金融基础设施，为全球用户提供安全高效的跨境人民币支付清算主渠道。
总结关键点：
核心数量： 央行运营的核心主干支付系统主要有以上五套。
层级结构： 这些系统构成了我国现代化支付清算体系的主干和核心。
连接枢纽： 所有商业银行、农信银资金清算中心、城市商业银行资金清算中心等机构都接入这些系统，通过这些系统进行跨行、跨机构、跨境的资金清算。
清算中心： 这些系统的运营实体是中国人民银行清算总中心（以及相关授权机构）。
类比理解： 可以想象央行清算总中心是一个巨大的“银行清算所”，这五套系统是其内部处理不同类型支付业务的专用“通道”或“部门”。
补充说明：
非银行支付机构（如支付宝、微信支付）： 它们本身不是独立的支付系统。它们主要依赖于商业银行账户体系和上述央行支付系统（尤其是小额BEPS和网银IBPS）来完成最终的银行间清算。它们构建的是面向用户的前端支付服务网络。
其他清算机构： 中国银联（银行卡清算）、网联清算有限公司（非银行支付机构网络支付清算平台）等也是支付体系的重要组成部分，但它们处理的交易最终仍需通过央行的核心支付系统（主要是HVPS、BEPS、IBPS）进行银行间的资金划拨和结算。
因此，回答“我国支付系统有几套”这个问题，最核心和准确的答案是中国人民银行运营的五套主干系统（HVPS, BEPS, IBPS, CFXPS, CIPS）。它们是整个国家支付体系的基础设施。